细菌菌种鉴定（二代测序法）

项目介绍

传统测序法进行细菌物种鉴定是通过16s rDNA全长扩增后测序方式进行，该方法利用sanger测序法（一代测序）给出属水平的鉴定结果，如果样本中有杂菌，测序套峰则无法给出期望菌和污染菌更准确的判断，且通量较低，一次只能测序1000bp以下的单一片段。随着二代测序技术的发展，测序价格越来越便宜，基于二代测序的全基因组测序被广泛使用，通过对细菌的全基因组进行测序，利用生信分析来获得细菌的全基因组序列信息已成为首选方案。

本项目即利用二代测序的方法对细菌基因组测序，进而进行物种鉴定，得到种水平的鉴定结果。除了物种信息，还可以基于测序得到的其他基因序列，进行MLST分型和血清型鉴定（某些特定细菌）。

主要流程

订购信息

送样要求

DNA浓度>=25 ng/μl，总量>=500 ng，体系>=20 μl（以Qubit检测结果为准）；
建议用1.5 /2 /50 mL灭菌离心管收集足够菌体，离心去上清，获得菌体500 mg以上，送2管菌体以备用。

保存及运输

标识清晰，密封完好的离心管装入自封袋中，可冰袋冷藏运输；
如果原始具体具有传染性和致病性，我们强烈建议直接提供DNA样品，否则菌体必须做灭活处理后送样。

最终交付

测序原始数据
实验结果类文件
分析报告及分析结果文件

分析结果示例

1.基于16s rDNA序列构建的进化树

2.ANI (Average Nucleotide Identity)值热图

数值＞95%，认为属于同一种