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在线Oligo分析器说明：

① 准确性

寡核苷酸链的性质（如Tm值、消光系数等）是根据相关算法拟合公式推算获得的，仅供参考，并不代表实际实验数据。不同的工具采用的公式和参数可能不同，因此得到的结果会略有差异。如果序列中存在兼并碱基，则按照兼并碱基所代表碱基数据的平均值进行计算。

② COMPLEMENT

显示输入序列的反向互补序列，方向为5-3。反向互补序列自动忽视末端修饰基团，但如果修饰基团为基本碱基类似物，则按照基本碱基进行计算。脱氧次黄嘌呤(dI)的互补碱基为胞嘧啶(C)。

③ LENGTH

寡核苷酸链中单核苷酸残基的数量，如果修饰基团属于单核苷酸残基类似物，则也算做在内。

④ GC CONTENT

寡核苷酸链中鸟嘌呤和胞嘧啶核苷酸的摩尔百分比。

⑤ TM

熔解温度(Melting Temperature, Tm)是指两段互补的碱基序列解链50%时的温度。生工生物引物分析器中，Tm计算是按照最近邻二态模型进行的，所采取的计算公式(1)为：

                                             

其中，ΔH和ΔS分别指根据热力学熔解参数计算出来的这段寡核苷酸的焓和熵，生工引物分析器采取的热力学参数来自于Allawi和SantaLucia在1997年发表于《Biochemistry》上的文章(DOI: 10.1021/bi962590c)；R是理想气体常数(1.987 cal/K·mole)；[Oligo]是指寡核苷酸的有效摩尔浓度，我们假定寡核苷酸链是非自身互补配对的，有效摩尔浓度取寡核苷酸总浓度的1/4，这里默认的寡核苷酸总浓度为500 nM。

盐离子校正：单价盐离子会对引物的Tm值产生一定的影响，公式(1)中盐浓度的条件为1M Na离子，因此得到的Tm(K)为1M钠离子浓度下的热力学温度(单位：K)。但大多数实际情况下并没有这么高的浓度，因此需要对该浓度进行校正，生工引物分析器采用的盐离子校正公式来自于Owczarzy在2004年发表于《Biochemistry》上的文章(DOI: 10.1021/bi034621r)。公式(2)为：

其中Tm*为离子校正后的Tm值，fGC为寡核苷酸链的GC含量，[Na+]为实际情况下的离子浓度，生工引物分析器中的Na离子浓度默认值为50 mM。得到Tm*之后将单位其转换为摄氏度即为最终预测的Tm值。

⑥ MOLECULAR WEIGHT

分子量指1摩尔寡核苷酸链的质量，计算方式为组成寡核苷酸链中所有原子质量的累加。

⑦ EXTINCTION COEFFICIENT

摩尔消光系数(ε260)是指1摩尔寡核苷酸链水溶液在260 nm处的吸光值。该数值决定了寡核苷酸链质量与合成OD数的关系。组成碱基种类随机的情况下，可以近似认为DNA双链1 OD的量为50 μg，单链寡核苷酸1 OD的量为33 μg。但对于客户定制的寡核苷酸链，需要根据序列进行计算。生工引物分析器采用最近邻二态模型进行消光系数的计算，参考数据为Michael于2003年发表于《Nucleic Acids Research》的文章(DOI: 10.1093/nar/gnh015)。

⑧ nmole/OD260和µg/OD260

根据摩尔消光系数，可计算出每OD所含的寡核苷酸链的分子量以及质量，计算公式为：nmole/OD260=10⁶/ε260以及µg/OD260 = nmole/OD260 × molecular weight × 10^-3。