菌群解析

服务简介

生工主要开展的菌群分析业务有ARDRA、ATCLA 和 RAPD /Rep-PCR / ISSR 等分子标记方面。脉冲场凝胶电 泳 （P F G E ， P u l s e d F i e l d G e l Electrophoresis）技术是 Schwartz 和Centor 在 1984 年发明的一种分离大分子DNA 的方法，通过电场方向不断交替变换及合适的脉冲时间分离大于 25 kb 的大片段 DNA 分子的凝胶电泳技术，已经成为细 菌 分 型 的“金 标 准”。 ARDRA（Amplifed Ribosomal DNA Restriction Analysis，核糖体 DNA 扩增片段限制性内切酶分析），即用 PCR 方法扩增不同混菌样品的 16S rDNA 全序列或部分序列，选取一种切割片段数目适中的限制性内切酶进行酶切，并通过聚丙烯酰胺（或琼脂糖）凝胶电泳分析样品之间酶切图谱的多态性。 ATCLA TA 克隆建库分析（16S AT-clone Library Analysis）， PCR 方法扩增混菌样总基因组DNA 的 16S rDNA 全序列或部分序列，用 TA 克隆方法建库，挑选阳性克隆再 PCR 扩增单克隆 16S rDNA全序列或部分序列，可初步判断混合菌群的菌种数量和各菌种的大致的百分比。RAPD/Rep-PCR/ISSR 等分子标记实验，RAPD/Rep-PCR 获得基因组DNA 指纹图，通过分析比较电泳条带，揭示基因组间的差异，该方法已广泛应用于细菌、真菌、支原体等微生物的分型研究。 Rep-PCR目前可自动化分型，并可建立各种细菌REP、 ERIC - PCR 分型标准数据库。

ISSR (inter-simple sequence repea t) 是Zietkeiwitcz 等于 1994 年发展起来的一种微卫星基础上的分子标记即在 SSR 序列的 3' 端或 5' 端加上 2~4 个随机核苷酸，在 PCR 反应中，锚定引物可引起特定位点退火，导致与锚定引物互补的间隔不太大的重复序列间DNA 片段进行PCR 扩增，与 RAPD 和 RFLP 相比， ISSR 揭示的多态性较高，可获得几倍于 RAPD 的信息量。目前，ISSR 标记已广泛应用于植物品种鉴定、遗传作图、基因定位、遗传多样性、进化及分子生态学研究中。