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质谱法SNP分型检测

服务简介

SNP，即单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism，SNP），主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。与其它分子标记相比，SNP 分辨率较高也较为丰富，覆盖基因组范围大，遗传上比较稳定。在人类基因组中，估计平均每1,000 个碱基对就有1 个SNP，估计其总数可达300 万个甚至更多，是继微卫星之后的第三代遗传标记。SNP 分布不均匀，在非转录序列中要多于转录序列，绝大多数位于蛋白的非编码区。通常情况下是一种二等位基因的变异，多为转换，即一种嘧啶碱基换为另一种嘧啶碱基，或一种嘌呤碱基换为另一种嘌呤碱基，转换与颠换之比为2：1。SNP 在CG 序列上出现最为频繁，而且多是C→T，因为CG 中C 即胞嘧啶常被甲基化，自发脱氨后即变为胸腺嘧啶。

生工拥有多SNP 技术服务平台：测序分型、PCR-RFLP 分型、Taqman 探针分型、Multiplex SNaPshot 分型、飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）分型、LDR（高温连接酶法）分型、HRM（高分辨率熔解曲线）分型（见XM0703）、焦磷酸测序分型（见XM0804）等技术平台。生工技术平台涵盖了从低通量、中等通量到高通量的完整SNP 分型平台，能满足不同规模项目的需求，为您量身打造个性化的服务。

MassARRAY MALDI-TOF MS System（时间飞行质谱生物芯片系统）是由美国AgenaBioscience公司研制并生产的基因分型检测系统，是采用飞行时间质谱的原理直接进行SNP分型检测的设备。目前，我们引进的这套MASSARRAY SNP分型检测的质谱范围为 4500到 9000 道尔顿（分子量单位）。位点检测成功率>95%，检测重复性>99%。

技术支持

电话：021-57072163

邮箱: service@sangon.com

服务特点

通量高
准确性高
简单灵活
灵敏度高
成本低

工作原理

该系统主要利用了基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱 (MALDI-TOF MS) 技术。其主要特点是：经过PCR扩增后的产物，加入SNP序列特异延伸引物，在 SNP 位点上，延伸 1 个碱基。然后将制备的样品分析物与芯片基质共结晶，将该晶体放入质谱仪的真空管 , 而后用瞬时纳秒 (10-9s) 强激光激发，由于基质分子经辐射所吸收的能量，导致能量蓄积并迅速产热，从而使基质晶体升华，核酸分子就会解吸附并转变为亚稳态离子，产生的离子多为单电荷离子，这些单电荷离子在加速电场中获得相同的动能，进而在一非电场漂移区内按照其质荷比率得以分离，在真空小管中飞行到达检测器。理论上讲，只要飞行管的长度足够，检测仪器可检测得分子质量数是没有上限的。

图1工作原理示意图

操作流程

样品准备

1) 基因组DNA

样品浓度不低于20 ng/μl，总体积不少于20 μl。

2) 血液样品

用EDTA抗凝剂的真空管采集或枸椽酸钠抗凝，采集后放入-20°C冰箱保存（最好-80°C保存），体积大于1 ml。

2) 组织样品

最好是新鲜（-80°C保存）或石蜡包埋的组织，也可以是95%乙醇中固定的组织，组织量大于10 mg；样品-70°C邮寄至本公司（干冰或液氮运送）以保证样品质量。

实验流程

图2 质谱法SNP检测流程示意图

结果分析

1) DNA提取及电泳检测

图3 DNA电泳检测图

2) 质谱检测图

图4 质谱检测图

2) 基因分型结果

订购信息

服务内容	周期
样本DNA提取及模板制备	1~5个工作日（根据样品的数量）
引物设计合成	2~3个工作日
预实验	3~5个工作日
正式实验检测	5-10个工作日（根据样品数量）

客户提供

1) 组织样本或血液、基因组DNA等；

2) 基因登录号；

3) SNP信息。

项目服务登记表：《SNP检测服务订单》

结果交付

1) 原始图片

2) 原始数据

3) 实验报告

常见问题

Q: 飞行时间质谱（MALDI-TOF）的实验结果的准确性和重复性如何？

A: 在满足一定实验条件的情况下，SNP分型检测结果的准确率和重复率均可达到99%以上。

Q: 利用时间飞行质谱（MALDI-TOF）进行SNP分型检测，与其它检测方法相比有哪些优势？

A: 每种检测方法都有各自不同的优缺点，MALDI-TOF作为一种成熟的检测技术，当然也不例外，有关技术方面的具体内容，可随时联系生工技术人员。

Q: SNP检测完成后客户如果需要后续的分析，贵公司能提供哪些分析数据？

A: 如果客户需要，我们可为客户进行Hardy-Weinberg平衡检验，等位基因型、基因型和单体型分析等。

参考文献

[1]Jiménez-Sousa MA, Jiménez JL, Fernández-Rodríguez A, et al. VDR?rs2228570 Polymorphism Is Related to Non-Progression to AIDS in Antiretroviral Therapy Na?ve HIV-Infected Patients. J Clin Med. 2019 Mar 5;8(3). pii: E311. doi: 10.3390/jcm8030311.

[2]Aierken K, Dong Z, Abulimiti T,et al. CDK6 3'UTR polymorphisms alter the susceptibility to cervical cancer among Uyghur females. Mol Genet Genomic Med. 2019 Mar 4:e626. doi: 10.1002/mgg3.626. [Epub ahead of print]

[3]Cai J, Cui K, Niu F, et al. Genetics of IL6 polymorphisms: Case-control study of the risk of endometrial cancer. Mol Genet Genomic Med. 2019 Mar 3:e600. doi: 10.1002/mgg3.600. [Epub ahead of print]

[4]Ji H, Lu L, Huang J, et al. IL1A polymorphisms is a risk factor for colorectal cancer in Chinese Han population: a case control study. BMC Cancer. 2019 Feb 28;19(1):181. doi: 10.1186/s12885-019-5395-9.

[5]Chen X, Wang M, Zhang Q, et al. Stress response genes associated with attention deficit hyperactivity disorder: A case-control study in Chinese children. Behav Brain Res. 2019 May 2;363:126-134. doi: 10.1016/j.bbr.2019.01.051. Epub 2019 Jan 29.

[6]Jin T, Zhu L, Bai M, et al. Association between the IL1R2 rs2072472 polymorphism and high-altitude pulmonary edema risk. Mol Genet Genomic Med. 2019 Mar;7(3):e542. doi: 10.1002/mgg3.542. Epub 2019 Jan 22.

[7]Bei C, Liu S, Yu X, et al. Single Nucleotide Polymorphisms in?miR-122?Are Associated with the Risk of Hepatocellular Carcinoma in a Southern Chinese Population. Biomed Res Int. 2018 Dec 19;2018:1540201. doi: 10.1155/2018/1540201. eCollection 2018.