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质谱法SNP分型检测

服务简介

SNP,即单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP),主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。与其它分子标记相比,SNP 分辨率较高也较为丰富,覆盖基因组范围大,遗传上比较稳定。在人类基因组中,估计平均每1,000 个碱基对就有1 个SNP,估计其总数可达300 万个甚至更多,是继微卫星之后的第三代遗传标记。SNP 分布不均匀,在非转录序列中要多于转录序列,绝大多数位于蛋白的非编码区。通常情况下是一种二等位基因的变异,多为转换,即一种嘧啶碱基换为另一种嘧啶碱基,或一种嘌呤碱基换为另一种嘌呤碱基,转换与颠换之比为2:1。SNP 在CG 序列上出现最为频繁,而且多是C→T,因为CG 中C 即胞嘧啶常被甲基化,自发脱氨后即变为胸腺嘧啶。

生工拥有多SNP 技术服务平台: 测序分型、PCR-RFLP 分型、Taqman 探针分型、Multiplex SNaPshot 分型、飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)分型、LDR(高温连接酶法)分型、HRM(高分辨率熔解曲线)分型(见XM0703)、焦磷酸测序分型(见XM0804)等技术平台。生工技术平台涵盖了从低通量、中等通量到高通量的完整SNP 分型平台,能满足不同规模项目的需求,为您量身打造个性化的服务。

MassARRAY MALDI-TOF MS System(时间飞行质谱生物芯片系统)是由美国AgenaBioscience公司研制并生产的基因分型检测系统,是采用飞行时间质谱的原理直接进行SNP分型检测的设备。目前,我们引进的这套MASSARRAY SNP分型检测的质谱范围为 4500到 9000 道尔顿(分子量单位)。位点检测成功率>95%,检测重复性>99%。

技术支持

电话:021-57072163

邮箱: service@sangon.com

服务特点

  • 通量高
  • 准确性高
  • 简单灵活
  • 灵敏度高
  • 成本低

工作原理

该系统主要利用了基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱 (MALDI-TOF MS) 技术。 其主要特点是:经过PCR扩增后的产物,加入SNP序列特异延伸引物,在 SNP 位点上,延伸 1 个碱基。然后将制备的样品分析物与芯片基质共结晶,将该晶体放入质谱仪的真空管 , 而后用瞬时纳秒 (10-9s) 强激光激发,由于基质分子经辐射所吸收的能量,导致能量蓄积并迅速产热,从而使基质晶体升华,核酸分子就会解吸附并转变为亚稳态离子,产生的离子多为单电荷离子, 这些单电荷离子在加速电场中获得相同的动能,进而在一非电场漂移区内按照其质荷比率得以分离,在真空小管中飞行到达检测器。理论上讲,只要飞行管的长度足够, 检测仪器可检测得分子质量数是没有上限的。

图1工作原理示意图

操作流程

样品准备

1)    基因组DNA

样品浓度不低于20 ng/μl,总体积不少于20 μl。

2)    血液样品

用EDTA抗凝剂的真空管采集或枸椽酸钠抗凝,采集后放入-20°C冰箱保存(最好-80°C保存),体积大于1 ml。

2)    组织样品

最好是新鲜(-80°C保存)或石蜡包埋的组织,也可以是95%乙醇中固定的组织,组织量大于10 mg;样品-70°C邮寄至本公司(干冰或液氮运送)以保证样品质量。

实验流程

图2 质谱法SNP检测流程示意图

结果分析

1)    DNA提取及电泳检测

图3 DNA电泳检测图

2)    质谱检测图

图4 质谱检测图

2)    基因分型结果

订购信息

服务内容 周期
样本DNA提取及模板制备 1~5个工作日(根据样品的数量)
引物设计合成 2~3个工作日
预实验 3~5个工作日
正式实验检测 5-10个工作日(根据样品数量)

客户提供

1)    组织样本或血液、基因组DNA等;

2)    基因登录号;

3)    SNP信息。

项目服务登记表:《SNP检测服务订单

结果交付

1)    原始图片

2)    原始数据

3)    实验报告

常见问题

Q:    飞行时间质谱(MALDI-TOF)的实验结果的准确性和重复性如何?

A:    在满足一定实验条件的情况下,SNP分型检测结果的准确率和重复率均可达到99%以上。

Q:    利用时间飞行质谱(MALDI-TOF)进行SNP分型检测,与其它检测方法相比有哪些优势?

A:    每种检测方法都有各自不同的优缺点,MALDI-TOF作为一种成熟的检测技术,当然也不例外,有关技术方面的具体内容,可随时联系生工技术人员。

Q:    SNP检测完成后客户如果需要后续的分析,贵公司能提供哪些分析数据?

A:    如果客户需要,我们可为客户进行Hardy-Weinberg平衡检验,等位基因型、基因型和单体型分析等。

参考文献

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